Part 1 :
Los Angeles. à l’enterrement d’un ancien agent du N.C.I.S, la directrice est inquiétée par un inconnu la rappelant au souvenir d’une mission secrète dans laquelle le défunt, Gibbs et elle-même sont impliqués. Sans prévenir ses équipes, Jenny part à la poursuite de cet homme avec l’aide de Mike Franks…
Part 2 :
Le N.C.I.S a perdu l’un des leurs et recherche le commanditaire des meurtres qui assouvit une vengeance de plus de dix ans. Pendant que le nouveau directeur du N.C.I.S, Leon Vance, prend ses fonctions, l’équipe s’efforce de rester unie car Gibbs est le prochain sur la liste…