Après avoir reçu un appel de détresse du lieutenant commandant Amanda Wilkerson, l'équipe du NCIS se mobilise pour tenter de la localiser. Celle-ci se trouvait à bord d'un navire transportant des armes nucléaires et Gibbs pense qu'elle a été enlevée. Il s'agit de la retrouver au plus vite, afin que les armes ne soient utilisées à des fins terroristes...