Gibbs et l'équipe du NCIS doivent rassembler leurs émotions au sujet de la mort de Kate, tuée des mains de Ari, un terroriste connu qui doit avoir des liens avec un nouvel agent du NCIS : Ziva David. Parallèlement Jenny Shepard, une femme du passé de Gibbs, est nommée nouvelle directrice du NCIS.