126 jours ont passé depuis que l'ancienne équipe de Gibbs a été démantelée. Entouré de ses nouveaux collaborateurs, Brent Langer, l'agent spécial Michelle Lee et Daniel Keating, Gibbs apprend que l'un d'entre eux est un traître... Parallèlement, Gibbs va devoir enquêter sur le meurtre d'un quartier-maître...