Un cryptographe travaillant au Pentagone est retrouvé mort. L'équipe du NCIS est amenée à enquêter afin de découvrir si la victime était une taupe, et si elle s'est réellement suicidée comme les indices semblent le démontrer. Mais les agents découvrent que le cryptographe n'était pas seul à l'heure de sa mort, donc quelqu'un doit l'avoir assassiné. Reste à trouver qui et pourquoi...