En route pour le NCIS, Ziva est témoin d’un assassinat politique et reconnaît formellement l’un des criminels, Namir Eschel, son coéquipier du Mossad censé pourtant être mort. Aussitôt après les faits, le FBI la suspecte des meurtres et la soupçonne d’espionnage. Tony, maintenant à la tête de l’équipe depuis le départ de Gibbs qui profite pleinement de sa retraite, doit prouver son innocence. Tandis que Ziva espère l’aide de son ancien chef, un nouvel agent intègre les rangs du NCIS, Michelle Lee, désormais la « bleu » de l’équipe.